Alles begann im Jahre 1899 mit einem Wettbewerb im Tauziehen, bei dem der Sieger einen Fußball erhielt. Mit diesem Fußball reifte der Entschluss, einen Fußballverein zu gründen, der dann am vierten Februar 1899 in die Tat umgesetzt wurde. Nach vier Jahren errangen alle drei Bremer Spielklassen die Meisterschaft, ihren ersten Titelhattrick. Das Interesse war geweckt und der Verein konnte nun Eintrittsgelder zu den Spielen verlangen. Seit dem Jahre 1919 gab es für Frauen die Möglichkeit, Mitglied im Fußballverein zu werden. 1920 erfolgte die Vereinsumbenennung in den Sportverein Werder Bremen von 1899, in dem die Sportarten Leichtathletik, Tennis, Schach, Baseball, Cricket und Fußball als bedeutendste Sportart verankert waren. Das Logo des Vereins in seiner Rautenform existiert seit 1929. Seither nahm die Professionalisierung des Fußballsports zu und Spieler, wie Matthias Heidemann, erster Nationalspieler, wurden verpflichtet. Spielort war das Weserstadion, das zu dieser Zeit vom Allgemeinen Bremer Turn- und Sportverein gepachtet war.
Der Sportverein durfte während der NS-Zeit als Verein weiter bestehen und es gelang ihm, in den Jahren 1934, 1936, 1937 und 1942 erste überregionale Erfolge in Form der Gaumeistertitel zu erlangen. Im Jahre 1945 löste sich der Verein auf und fusionierte mit dem TV Vorwärts und den Freien Schwimmern 1910, die beide zur NS-Zeit verboten waren, zum TuS Werder 1945. Schon ein Jahr später nannte sich der TuS Werder 1945 in den SV Grün-Weiß 1899 Bremen um, danach in SV Werder Bremen.
Ab 1947/48 spielte der Verein in der Oberliga und setzte sich ab 1958 unter dem damaligen Trainer, A-Nationalspieler Georg Knöpfle, als Nummer eins im Norden durch. 1959 bis 1963 wurde der Verein ohne Unterbrechung Vizemeister in der Oberliga Nord, was ihm den Aufstieg in die neu gegründete Bundesliga ermöglichte und er damit Gründungsmitglied ist. Der erste DFB-Pokalsieg wurde 1961 verbucht und die Saison 1964/65 brachte dem SV die Meisterschale und die Tabellenspitze.
1971/72 liefen die Spieler mit Speckflaggentrikots in den Farben der Stadt Bremen mit dem Schlüssel auf der Brust auf. Dies brachte eine Werbeeinnahmenbeteiligung des Weserstadions und Schuldenerlass. Trotz finanzieller Besserstellung des Vereins ließ der Erfolg auf sich warten. Ein siebzehnter Tabellenplatz in der Saison 1979/80 bedeutete den Abstieg in die zweite Liga.
1981 kam der SV zurück in die Bundesliga. 1983, 1985 und 1986 erreichte er den Vize-Meistertitel. In der Saison 1987/88 wurde der zweite Meistertitel gefeiert und 1989, 1990, 1991 standen die Bremer im DFB-Pokalendspiel.
Der Europapokal der Pokalsieger wurde 1992 gewonnen und 1993/94 hatte sich die Mannschaft als erstes deutsches Team für die Champions League qualifiziert. Mit Weggang Otto Rehhages 1995, war die Erfolgsphase für einige Jahre vorbei. Felix Magath wurde als neuer Trainer verpflichtet, mit dem die Elf in der ersten Saison das Mittelfeld erreichte, aber 1998/99 ging es rapide abwärts. In der zweiten Saisonhälfte trat der gesamte Vorstand des SV Werder Bremen zurück, auch der Trainer Felix Magath ging. Thomas Schaaf, damals Trainer der Amateure, übernahm die Cheftrainerfunktion und führte die Elf in das Viertelfinale des UEFA-Cups. Klaus Allofs wurde Vorstandsmitglied und nach der Umwandlung 2004 Geschäftsführer des Vereins.
Die Saison 2003/2004 brachte für den SV im Juli 2003 tief greifende Veränderungen mit sich. Der wirtschaftliche Geschäftsbetrieb ist in die Werder Bremen GmbH & Co. KG aA ausgegliedert worden. Damit besteht der SV Bremen aus dem SV Werder von 1899 e.V. und dem Wirtschaftsunternehmen Werden Bremen GmbH & Co. KG aA. Nach der Umstrukturierung brachten die Siege des Deutschen Meisters und des DFB-Pokals den ersten Doublegewinn, durch den die Elf Dauergast in der Champions League war. Die Europa League erreicht die Mannschaft bis ins Achtelfinale.
2005/2006 kam Torsten Frings zur Saison 2005/06 wieder zurück. Der Innenverteidiger Naldo verstärkt das Team. In der Champions League qualifiziert sich Werder gegen FC Basel und erreicht das Achtelfinale.
2007/2008 startet die Saison ohne dem Nationalstürmer Miroslav Klose, da dieser zum FC Bayern wechselt. Der Höhepunkt der Saison ist der 8:1-Heimsieg über Arminia Bielefeld.
2008/09 endet die Saison für Werder Bremen auf den zehnten Platz. Allerdings ist Werder ganz vorne in den Pokalwettbewerben dabei. Werder Bremen stürmt nach Platz drei der Champions League-Vorrunde in das letzte UEFA-Cup-Finale. Danach wurde Champions League in Europa League umbenannt.
Die Saison 2010/2011 brachte eine Entwicklung, die das Ende der Trainerlaufbahn von Thomas Schaaf und die Beendigung der Managertätigkeit von Klaus Allofs abzeichnete. Der Nachfolger von Klaus Allofs, Thomas Eichin, wurde am 27.12.2012 präsentiert. Cotrainer Wolfgang Rolf trainierte die Elf bis zum Saisonende, danach übernahm Robin Dutt die Aufgabe des Cheftrainers. Die Saison 2014/2015 wollte nicht so recht vorangehen, neun Spiele, kein Sieg. Das Aus für Robin Dutt. Victor Skripnik übernahm mit Cotrainern Torsten Frings und Florian Kohfeldt sowie Torwarttrainer Christian Vander die Mannschaft. Marco Bode übt das Amt des Vorstandsvorsitzenden als Nachfolger von Willi Lemke seit Ende 2014 aus, und nachdem Frank Baumann seine Laufbahn beendete, wurde Tim Borowski sportlicher Leiter der U 23.
2015/16 stand der SV Werder mit 15 Punkten nach dem Vorrundenabschluss auf dem Relegationsplatz. Am letzten Spieltag kam es zu einem Endspiel gegen Eintracht Frankfurt. Werder Bremen gewann mit dem Treffer von 1:0 in der 88. Spielminute und landete mit 38 Punkten auf den 13. Tabellenrang.
Im Mai 2016 erfolgte die sofortige Ablösung des Geschäftsführers und Sportdirektors Thomas Eichin. Frank Baumann wurde sein Nachfolger.
Den ersten Saisonsieg erreichte Werder Bremen am 19. November 2017 gegen Hannover 96 mit 4:0. Weitere Siege gegen den VfB Stuttgart mit 1:0 und mit 2:1 gegen Borussia Dortmund. Damit wurde der Anschluss bis zur Winterpause an das untere Mittelfeld erreicht.
2018 verließen die beiden Leistungsträger Thomas Delaney und Zlatko Junuzović den Verein. Neu verpflichtet wurden Martin Harnik von Hannover 96, Yūya Ōsako vom 1. FC Köln, Nuri Şahin von Borussia Dortmund, Davy Klaassen vom FC Everton. Werder Bremen lag nach acht Spieltagen auf dem dritten Tabellenplatz.
2019/20 verließ Max Kruse zur Saison den Verein. Als Neuzugang kam der ehemalige Jugendspieler Niclas Füllkrug, der von 2012 bis 2013 für Werder Bremen bereits in 23 Bundesligaspiele aktiv war.
2020/21 begann die Bundesliga-Saison für Werder Bremen gegen Hertha BSC mit einer Heimniederlage. Die Bremer belegten am Ende der Hinrunde den 13. Platz. Kohlfeld wurde vor dem letzten Spieltag durch Thomas Schaaf bis zum Saisonende ersetzt.
Zur Saison 2021/22 wurde Markus Anfang als neuer Cheftrainer verpflichtet und mit diesem startete die Mannschaft in eine ordentliche Spielzeit.
In dieser Zeit grassierte die Covid Pandemie und Mitte November erhoben sich gegen Markus Anfang die Vorwürfe, sein Impfzertifikat sei gefälscht. Markus Anfang trat mit sofortiger Wirkung zusammen mit Florian Junge am 20. November 2021 von seinem Posten zurück.
Der SV Werder Bremen von 1899 e. V. ist ein Traditionsverein mit vielen nationalen und internationalen Erfolgen, der jedem, der körperlich fit ist, Gemeinschaftssinn hat und begeistert ist, ganz gleich, welchen sozialen Status er hat, die Möglichkeit gibt, sich aktiv sportlich zu betätigen.
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